| Imię i nazwisko | Czas pracy na stanowisku |
| Józefa Heybowicz | 1944-1949 |
| Antoni Moroz | 1949-1953 |
| Edmund Miszkiel | 1953-1954 |
| Czesław Miszkiel | 1954-1959 |
| Janusz Pawłowski | 1959-1964 |
| Zygmunt Moraczewski | I-VIII 1964 |
| Jan Wojtych | 1964-1974 |
| Wacław Alfred Dacz | 1974-1986 |
| Jadwiga Teresa Węsierska (Symonowicz) | 1986-1991 |
| Jan Aniszewski | 1991-1997 |
| Grzegorz Wiśniewski | 1997-1999 |
| Janina Janczulewicz | 1999-2006 |
| Andrzej Małkiński | 2006 – 2024 |
Obecnie Dyrektorem ZSO w Sejnach jest Pani Jolanta Nowalska